Biologinen seuranta
Planktoneliöstö
Kasviplanktonin lajijakaumaa ja biomassaa, ja erityisesti sinilevien osuutta biomassasta, seurataan Tuusulanjärvellä kesäisin. Kahden viikon välein järveltä haettavista vesinäytteistä määritetään suhteellista myös levämäärää kuvaava klorofylli a -pitoisuus. Aiemmin Tuusulanjärvellä on tutkittu mm. sinilevien myrkyllisyyttä. Eläinplanktonin määrää seurattiin kesäisin vuosina 1996 – 2009 ja 2016 -2018.
Pohjaeläimet
Pohjaeläinten lajijakauman ja tiheyksien seuranta aloitettiin Tuusulanjärven syvännealueella 1980-luvun lopulla osana valtakunnallista seurantaa. Vuonna 1993 aloitettiin myös seuranta eri näytteenottomenetelmällä ja alueella osana sedimentin kunnostuskokeiden tarkkailua.
Vesikasvit
Tuusulanjärven vesikasvillisuuden määrää ja lajistoa on kartoitettu muutamien vuosien välein vuodesta 1998 lähtien. Kasvillisuuskartoitusten tuloksia hyödynnetään kasvillisuuden niittoja suunniteltaessa. Kasvit myös kuvastavat veden ja sedimentin laadun muutoksia. Kasvillisuuskartoitus tehtiin viimeksi kesällä 2008. Järven kunnostustoimenpiteiden yhteydessä seurataan myös järvestä niitetyn ja pois kerätyn kasvimassan määriä.
Kalat
Kalakannan tutkimukset antavat tärkeää tietoa Tuusulanjärven tilasta ja kunnostustoimenpiteiden vaikutuksista. Järvellä on toteutettu mm. sähkökalastuksia, kaikuluotauksia, koetroolauksia ja koeverkkokalastuksia, joiden avulla on selvitetty kalakannan rakennetta, lajijakaumaa, kalojen kasvua sekä petokalojen poikasten tiheyksiä. Tuusulanjärvi oli mukana vuosina 1997 – 2002 toteutetussa ”Rehevöityneiden järvien hoitokalastuksen vaikutukset” -tutkimuksessa. Vuosina 2005 – 2011 Tuusulanjärvellä toteutettiin särkikalojen populaatioanalyysitutkimus.