Rehevöitymiskehitys
Tuusulanjärven vesi on luonnostaan savisameaa. Saviaines kulkeutuu puroja ja ojia myöden ja jää leijumaan veteen aiheuttaen samennusta. Maan muokkaus maa- ja metsätalousalueilla sekä rakentamisessa lisää saviaineksen huuhtoutumista valuma-alueelta. Järveen tulee myös humuspitoisia vesiä sen itä- ja länsipuolella sijaitsevilta soilta (Tuomalansuo ja Ruskelan suoalueet). Humusvedet aiheuttavat veteen ruskean värin, joka soiden voimakkaiden kuivatustoimien jälkeen on vähentynyt.
1900-luvun alku: asutus lisääntyy
Tuusulanjärven rehevöityminen on seurausta pitkään jatkuneesta ihmistoiminnasta valuma-alueella. Asutuksen lisääntyminen ja metsien raivaus pelloiksi merkitsivät ravinnekuormituksen lisääntymistä. Ravinteiden määrän kasvu vedessä vaikutti kasviplanktonin lisääntymiseen. Järnefelt havaitsi veden värin muuttuneen vihertäväksi levätuotannon lisääntymisen seurauksena jo 1930-luvun alussa.
1950 – 1980: kiihtyvän rehevöitymisen aika
Jäteveden johtaminen riittämättömästi puhdistettuna taajamista järveen kiihdytti järven rehevöitymistä varsinkin 1950- ja 1960-luvuilla. Tuusulanjärvi oli 1960 – 1970 luvuilla erittäin huonossa kunnossa. Vesi oli hapetonta jopa parin metrin syvyydestä alkaen. Hapettomuus lisäsi ravinteiden liukenemista pohjasta, jolloin järvi alkoi kuormittaa itse itseään (sisäinen kuormitus). Seurauksena oli rehevöitymisen noidankehä. Järven ilmastus aloitettiin syystalvella 1972. Ilmastus piti veden happitilanteen tyydyttävänä ja esti kalakuolemat. Kun jätevesiviemäri Viikin puhdistamolle valmistui vuonna 1979, veden ravinnepitoisuudet pienenivät, mutta sinileväkukintoja esiintyi lähes vuosittain. Järveen tuleva hajakuormitus oli vielä kaksi kertaa niin suuri kuin järvi kestäisi.
1980 – 1999: Sinilevät vaivaavat yhä
Vedenlaatu parani jonkin verran, mutta sinilevää esiintyi vuosittain. Syynä tähän oli sedimenttiin kertyneiden ravinteiden palautuminen uudelleen kiertoon sisäisen kuormituksen takia. Myös hajakuormitusta tuli järveen liikaa. Järven ilmastusta jatkettiin.
1998: Järven tehokas kunnostus alkaa
Kesällä 1997 sinilevämäärä oli yhtä suuri kuin pahimpina 1970-luvun vuosina ja kuntalaisten perustama Pro Tuusulanjärvi keräsi lähes 9000 nimeä adressiin järven pelastamiseksi. Kantaa järven puolesta ottivat myös useat tunnetut taiteilijat sekä elinkeinoelämän ja yhteiskunnalliset vaikuttajat. Tuusulan kunta ja Järvenpään kaupunki päättivät aloittaa järven tehokunnostuksen. Myös valtio tuli mukaan hankkeeseen.